Подольский краеведческий музей был основан 11 июня 1971 года энтузиастами-общественниками. Первоначально он располагался в центре города, а его первым директором стал историк С.В. Кауц. Основу фонда составили предметы, переданные жителями, а также археологические находки. Биолог З.Я. Шехтель подготовил для музея природную экспозицию, которая к 1974 году оформилась в диораму.

В 1993 году музей переехал в усадьбу «Ивановское», где были размещены коллекции по археологии, быту и истории Подольского уезда XIX века, а также экспозиция о природе края. В 1990-е годы фонды пополнились уникальными археологическими находками IX–XII веков и картинами местных художников.

К 230-летию Подольска музею было передано отреставрированное историческое здание Главного дома присутственных мест в центре города. В нём была открыта новая экспозиция «Подольский меридиан», охватывающая историю города от его основания до наших дней.